Ban đầu, Cảng Kobe chỉ là một cảng nhỏ, được bao quanh bởi biển sâu, yên tĩnh. Tuy nhiên, nhờ vị trí thuận lợi và sự phát triển kinh tế của Nhật Bản, cảng nhanh chóng trở thành một trong những cảng biển lớn nhất ở châu Á.
Vào năm 1921, Cảng Kobe đã được hiện đại hóa với việc xây dựng các bến tàu mới. Bến tàu Maya được hoàn thành vào năm 1967 với tư cách là nhà ga container đầu tiên ở Nhật Bản. Việc cải tạo Đảo Port bắt đầu vào năm 1966.
Tuy nhiên, Cảng Kobe đã bị hư hại nặng nề bởi trận động đất Hanshin-Awaji xảy ra vào ngày 17 tháng 1 năm 1995. Trận động đất đã phá hủy nhiều cơ sở cảng và gây thiệt hại nghiêm trọng cho thành phố.
Nhờ sự nỗ lực của chính phủ và người dân địa phương, Cảng Kobe đã được khôi phục hoàn toàn thành Cảng Kobe mới vào cuối tháng 3 năm 1997. Cảng mới được trang bị các thiết bị hiện đại, đáp ứng nhu cầu vận tải hàng hóa ngày càng tăng.
